در صورت داشتن اپراتور کارآمد، قدرت تصفیه فیلتر های دیاتومه نسبت به فیلتر های شنی بیشتر است.ولی در صورت استفاده نادرست از فیلتر دیاتومه، راندمان کاری آن حتی از فیلترهای شنی هم پائین تر خواهد امد.همچنین مزیت بعدی فیلتر های دیاتومه نسبت به فیلترهای شنی، عدم زنگ زدگی و خوردگی فیلترهای دیاتومه می باشد.